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3、耿炳文在真定之战中就死了，所谓的战败后被建文帝召回，在南京城破之后又投降了燕王等等等等一系列事情是扯淡。参见《靖难之役和耿炳文、沐晟家族——婚姻关系在封建政治中作用之一例》。（多说一句，这件事实在怪不得《明史》，朱棣篡位之后修改史籍简直到了丧心病狂的地步，《明史》拿不到第一手资料，顾诚的考证是基于耿炳文外甥沐晟为耿琦写的一篇墓志铭）
4、明朝的耕地数目是一笔烂账，很多历史学家根据《明史》、《明实录》等来计算，总是对不上号。顾诚认为这是因为没有考虑卫所制度，其中的屯田和卫所辖区内的民田也占了耕地的很大一部分，但是普遍没计算在内。参见《明前期耕地数新探》、《明帝国的疆土管理体制》。（这个严格来说可能并不算明史的错漏，只是记载比较模糊）
上面四点只是顾诚先生对于《明史》大问题的质疑，至于其它比较细碎的错漏，质疑就更多了，不赘述了。
1、建文帝没死。参见孟森《明史讲义》之“靖难两疑案之论定”。谈迁《枣林杂俎》中记载了“或曰”建文帝手笔 的诗文，摘录几首我很喜欢的
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄昙标。南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。百官此日知何处，惟有群鸦早晚朝。
飘泊江河四十秋，于今白发已蒙头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。