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赛制上，分为市级预赛，大区决赛和全国总决赛三个阶段。 首届联赛仅在全国17个重点城市展开 ，2003年扩大到17个重点城市以外的15个已实体化的省级会员协会指定的城市举行，2004年以后向所有省级会员协会开放。
起初，省区一级预赛大都是由省区足协指定本省区内一城市举办由本市球队参加的市级联赛，例如济南赛区、荆州赛区、自贡赛区、鄂州赛区、福州赛区、中山赛区等，也少有采取集中赛会制，例如安徽赛区（2003年）、广西赛区（2004年）、广东赛区（2006年）等。随着各地业余足球的发展，在各省区逐渐形成成规模的覆盖全省区的主客场赛制联赛，例如浙江省城市足球冠军杯、广西足球超级联赛、广东省足球协会联赛、湖南足球协会甲级联赛、齐鲁业余足球超级联赛及宁夏足球超级联赛，目前为止许多省区市都形成了稳定的省区市级联赛对接到中国足球协会业余联赛大区决赛当中。
注：每年不固定举办的对接赛事不包括在内，已经停办的赛事不包括在内。 省市区赛区首办联赛名称创办时间对接CAL时间黑龙江省2004年---吉林省2012年---长春市2002年长春市足球联赛?2002年延边朝鲜族自治州2002年---辽宁省2014年---沈阳市2003年沈阳城市足球超级联赛2012年2012年大连市2002年大连市业余足球超级联赛2010年2011年北京市2002年---天津市2002年---河北省2015年河北省足协杯2015年2015年山东省2003年齐鲁业余足球超级联赛2015年2015年青岛市2002年青岛城市超级联赛2005年2005年河南省2003年郑州市业余(成人)足球甲级联赛-2003年山西省2015年---陕西省2010年---西安市2002年---内蒙古自治区2007年---甘肃省2004年---宁夏回族自治区----青海省2007年---新疆维吾尔族自治区2004年新疆业余足球联赛甲组2001年2005年四川省2003年---成都市2002年成都城市超级联赛2007年2007年重庆市2002年重庆市业余足球联赛2014年2014年云南省----昆明市2002年都市时报足球擂台赛1995年2002年贵州省----湖北省2003年---武汉市2002年武汉城市甲级联赛2005年2005年湖南省2003年湖南省足球协会超级联赛2015年2015年广东省2003年广东省足球协会联赛2015年2015年广州市2002年---深圳市2002年深圳市业余足球甲级联赛1987年2002年广西壮族自治区2004年广西足球超级联赛2011年2011年西藏自治区2015年拉萨业余足球联赛2014年2015年安徽省2003年---江苏省-江苏省业余足球联赛总决赛2015年2015年南京市2002年南京城市甲级联赛2007年2007年上海市2002年陈毅杯足球赛社会组-2011年浙江省2003年浙江省足球超级联赛2003年2003年江西省2003年---福建省2004年---厦门市2002年厦门市“足协杯”业余足球联赛总决赛2007年2007年海南省2003年--- 大区实行赛会制，由足协授权会员协会成立大区业余联赛组委会，负责大区业余联赛的组织和管理。2002年分成四个赛区，2003年又分为八个大区，2005年合并为四个大区，2006年后又合并为南北两个大区（北区由西安市足协牵头，南区由江西省足协牵头）。2014年重新划分为四个大区，四个大区赛所含会员协会分布情况待定。
南区：江西、武汉、上海、江苏、青岛、湖北、浙江、南京、安徽、广东、深圳、厦门、广州、海南、广西、福建、湖南、贵州、四川、云南、成都、昆明（9个足球重点城市和13个省级会员）。其中，昆明、四川、成都赛区2006-2010年被划分在北区。
北区：西安、重庆、陕西、河南、新疆、北京、天津、辽宁、山东、沈阳、大连、吉林、长春、延边、黑龙江、内蒙古、河北、山西、青海、西藏、宁夏、甘肃（8个足球重点城市和14个省级会员）。 实行赛会制，全国总决赛由中国足协组织管理。
