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一、日本历史上数次入侵，直接打断了中国的历史进程，给中国人民带来了灭顶之灾，而且直到今天从来没有补偿过，也没有悔罪。这是历史造成的矛盾，很难化解，说直白点，此仇不报非君子。
二、领土纠纷。钓鱼岛是美国人玩弄的手段，目的就是在中日之间埋下地雷，目前这颗地雷已经快被引爆。本来1945年，当时的国民政府是可以接收钓鱼岛的，可惜某人眼中只有消灭异己，才导致现在这般被动。
三、经济矛盾。中日之间目前的经济结构颇为相似，都是出口导向，都需要依赖海外市场，而且近几年来，日本传统的产业优势有被中国追上甚至反超的可能，为争夺海外市场，肯定会有一番较量，最新的动态莫过于印度高铁和泰国高铁的较量。
四、地缘政治的矛盾。日本从属于美国为代表的西方阵营，其对外政策等基本上按照美国人的意图在行事，而美国人现在最想做的就是遏制中国的发展，而日本正好是其利用的好工具这必然会带来中日之间更多矛盾冲突。